Нужно перейти в корневую папку nextcloud и запустить рескан файлов. Вывод команд ниже.
cd /var/www/html #Перейти в корневую папку облачного хранилища sudo -u www-data php ./occ files:scan -all #Выполнить индексацию для всех пользователей sudo -u www-data php ./occ files:scan -all ./occ files:scan username #Выполнить индексацию для пользователя username
У меня индексация 8000 файлов занялa 30 секунд.